Η Αμαλία Κουντούρη γεννήθηκε στην Αθήνα το 1969.
Σπούδασε φλάουτο με την Janina Batko και πήρε το δίπλωμά της το 1992.
Έχει παρακολουθήσει σεμινάρια φλάουτου με τους M. Grauwels, J. Elvira και B. Frommanger και φλαόυτου με ράμφος με τους Δ. Κούντουρα και H. Tol, καθώς και σεμινάρια ερμηνείας παλιάς μουσικής με τους: M. Chance, T. Koopman, C. Rousset, T. Watanabe, E. Michelangeli. Παρακολουθεί μαθήματα jazz αυτοσχεδιασμού στο Ωδείο Athenaeum με τον Σύλβιο Σύρρο.
Είναι μέλος των συνόλων Duo Capricorn, Con Fusion και PicarDuo. Επίσης συμμετέχει στο Free Time Quartet που εξειδικεύεται στη Βραζιλιάνικη μουσική. Παίζοντας φλάουτο με ράμφος συμμετέχει στο σύνολο Ritornello, όπου μαζί με τους Ηλέκτρα Παπασιμάκη (φωνή, φλάουτο με ράμφος), Αλέξανδρο Κάλκο (αρχιλαούτο, βιχουέλα, μπαρόκ και αναγεννησική κιθάρα) και Βασίλη Τιγγιρίδη (θεόρβη, μπαρόκ λαούτο) ερμηνεύει οργανική και φωνητική μουσική από την Αναγέννηση και το Μπαρόκ.
Από το 2008 συνεργάζεται με την πιανίστα Μυρτώ Ακρίβου εξερευνώντας το σύγχρονο ρεπερτόριο για φλάουτο και πιάνο. Από το 2014 συνεργάζεται με την κιθαρίστα Εύα Φάμπα, με την οποία έκανε περιοδεία στην Κίνα τον Απρίλιο του 2014.
Έχει πάρει μέρος σε ηχογραφήσεις CD (Will-o-the wisp, Τατιάνα Ζωγράφου, Νίκος Πιπέρης) και επίσης έχει ηχογραφήσει για το Τρίτο Πρόγραμμα της ΕΡΑ. Επίσης συμμετέχει σε πρώτες εκτελέσεις έργων Ελλήνων και ξένων συνθετών και νέοι συνθέτες (Ν. Χαριζάνος, S. Vachez) τής έχουν αφιερώσει έργα τους. Έχει δώσει συναυλίες με διάφορα μουσικά σχήματα σε πολλά νησιά και πόλεις της Ελλάδας. Διδάσκει στο Ωδείο Εν Οργάνοις, στο Ωδείο Ζωγράφου (Γ. Πολιτόπουλου) και στο Εθνικό Ωδείο (παράρτημα Ν.Ηρακλείου, Αμαρουσίου).
Σπούδασε Κτηνιατρική στη Θεσσαλονίκη κι έχει πτυχίο Master of Science στην Κτηνιατρική των άγριων ζώων από το Πανεπιστήμιο του Λονδίνου.